DNA Nexusという米国ベンチャー(その１)
PacBioという次世代シーケンサーがある。特徴はリード長が600bpと長い配列長であること。
HiSeqと比べても長い配列のようだ。(どのような領域をターゲットにしている研究者がうれしいのかはわからない)
最近DNA Nexusという米国ベンチャーがあることを知った。PacBioの解析パイプラインをAWSで使えるようにしているらしい
日本語のブログ(パックマンの挑戦)
笠原さんのブログ記事(AGBT2015参加記(3): ロングリード時代の到来)
日本だとHiSeq旋風が吹き荒れているが、米国だとPacBioは結構トレンドなんだろうか。。実体験上はそんなことが起きているとは思えないけど。
falconってどんなパイプラインなんだろうか。
PacBio and DNAnexus Transform de novo Assembly
気になるが、すぐに全貌は分からない。
パイプラインを使うのにいくらかかるのか。世界は広いなぁ
Dockerとは(その１)
Gitの新しいバージョンをインストールする(RHELに)
RHELのデフォルトのGitが古くてたまらない。
最新版は2.6.3のようだ。
Qiitaさんを検索してみたら、ソースからのコンパイルがちゃんと書いてあった。 http://qiita.com/asonas/items/ed7004f5a826ad1c2f26
すごいなQiitaさん。ちょっとやってみよう。
rsyncのシンボリックリンクをコピーするオプションを試してみる。
[root@vbox01 /]# which rsync
/usr/local/bin/rsync
[root@vbox01 /]# rsync --version
rsync version 3.1.1 protocol version 31
Copyright (C) 1996-2014 by Andrew Tridgell, Wayne Davison, and others.
Web site: http://rsync.samba.org/
Capabilities:
64-bit files, 64-bit inums, 64-bit timestamps, 64-bit long ints,
socketpairs, hardlinks, symlinks, IPv6, batchfiles, inplace,
append, ACLs, xattrs, iconv, symtimes, prealloc
ディレクトリ構成
/ (ルートパーティション)
Ｌdata2―aaa(bbbへのSymbolic Link)
―bbb(実体)
―ccc(/data3/dddへのSymbolic Link)
Ｌdata3―ddd(実体)
―destdir(コピー先ディレクトリ
このような構成の場合
普通のarchiveモードだと
[root@vbox01 data3]# rsync -av /data2/aaa /data3/destdir
sending incremental file list
aaa -> bbb
sent 53 bytes received 19 bytes 144.00 bytes/sec
total size is 3 speedup is 0.04
[root@vbox01 data3]# cd destdir/
[root@vbox01 destdir]# ll
合計 0
lrwxrwxrwx 1 root root 3 11月 29 20:40 2015 aaa -> bbb
[root@vbox01 destdir]# rsync -av --copy-links /data2/aaa /data3/destdir
sending incremental file list
aaa
sent 103 bytes received 35 bytes 276.00 bytes/sec
total size is 14 speedup is 0.10
[root@vbox01 destdir]# ll
合計 4
-rw-r--r-- 1 root root 14 11月 29 20:40 2015 aaa
[root@vbox01 destdir]# more aaa
bbb file desu
実体の方がコピーできている。ファイル名はシンボリックリンクでつけていた名前のaaaとなる。
[root@vbox01 destdir]# rsync -av --safe-links /data2/aaa /data3/destdir
sending incremental file list
aaa -> bbb
sent 53 bytes received 19 bytes 144.00 bytes/sec
total size is 3 speedup is 0.04
[root@vbox01 destdir]# ll
合計 0
lrwxrwxrwx 1 root root 3 11月 29 20:40 2015 aaa -> bbb
[root@vbox01 destdir]# rsync -av --copy-unsafe-links /data2/aaa /data3/destdir
sending incremental file list
sent 46 bytes received 12 bytes 116.00 bytes/sec
total size is 3 speedup is 0.05
[root@vbox01 destdir]# ll
合計 0
lrwxrwxrwx 1 root root 3 11月 29 20:40 2015 aaa -> bbb
--cpy-unsafe-linksだと何もコピーされない。(これは合っている気がする)
[root@vbox01 destdir]# rsync -av --keep-dirlinks /data2/aaa /data3/destdir
sending incremental file list
sent 46 bytes received 12 bytes 116.00 bytes/sec
total size is 3 speedup is 0.05
これもあまり意味がないか。
省エネスパコン「菖蒲(PEZY)」について思うこと。本当に使えるスパコンなのか
今日の日経で出ていた記事
という記事を見て、今読んでいる本
HPC JAPANの2015年8月31日の記事でも菖蒲のことが載っている
「理研・PEZYグループ 菖蒲で勝負する？」 (結論だけ言うと、理研は菖蒲では勝負しない。ということ)
記事を読むと、菖蒲は理研とPEZYの共同研究で短期間に構築されたシステムである。
2015年4月スタートで、モノの3か月で結果を出してたとは、PEZYグループの実力、恐るべし
菖蒲はPEZYが独自開発した512コアのプロセッサを搭載しているようだ。
つまりコンパイラも独自ににある。
菖蒲では使えない。
科学技術用のスパコンは、ユーザが開発したアプリを高密度に動かすことが大事になる。
気象、物質、流体のシミュレーションを行うプログラムをスパコンのCPUとメモリをぶん回して、
ぎっちぎっちに詰め込んで計算し続けるのがスパコンの主な用途になる。
CUDAを書くことも技術者としては少しハードルがある。
菖蒲は日経の記事を見て興味を持ったが、コンパイラがPEZYからも提供されておらず
